SCoPE2，進階的單細胞蛋白質組方法揭露吞噬細胞蛋白質組異質性
得益于單細胞轉錄組學，現在具有不同表型的異質群體細胞類型的組織體已可以清晰識別。誠然，單一細胞分化經常出現自蛋白介導的生理反應，對于不同翻譯修飾的理解依然有限。目前主流基于單細胞轉錄組測序技術對于許多樣本存在低采樣率，導致數字化mRNA計數器準確度差，由此可知，蛋白質豐度估算也不可靠。
巨噬細胞是天然免疫細胞并具有不同功能和分子表型，對一系列疾病都很重要，包括腫瘤。由于上面提到的測序技術局限性，在單細胞蛋白質組學領域卻發(fā)現存在大量未被發(fā)現的機理。
這里，Specht et al 使用多元LC-ESI-MS/MS（包括采用歐若拉納升色譜柱）進行單細胞蛋白質組學研究，進一步優(yōu)化了他們早期的SCoPE-MS方法形成SCoPE2。這大大地提升了定量準確性和分析通量，通過自動化微型樣本前處理裝置減少手動操作時間，極大地降低了成本。
分析均一單核細胞分化成為類吞噬細胞中異質性的出現，啟用該方法使得在10天的機時內完成鑒定了1490個不同類型的單細胞。
此外，數據表明甚至當分化源自暴露于同一環(huán)境的均一單核細胞，跨越一個連續(xù)活動周期蛋白質組階段時吞噬細胞蛋白質組也發(fā)現了異質性，這與此前發(fā)現存在細胞因子時出現的一種偏振軸有關。
這些數據可以實現臨床應用，比如一定疾病范圍的生物靶標發(fā)現和進行基于蛋白質網絡功能的直接因果機制推斷。更多的細胞和蛋白質變體的定量分析，在此方向研究時假定設想將會更少。
閱讀全文：
賈羅德·桑道博士評注
